L'objectif principal de Pin Bot est de marquer des points en atteignant des cibles et en complétant des objectifs simples. Les règles du jeu sont pour la plupart identiques à celles du flipper: le joueur commence avec un marqueur allumé placé sur Pluton et avance dans le système solaire en touchant diverses cibles allumées. Atteindre une certaine planète clignotante (Saturne, Jupiter ou Mars) attribue une spéciale qui, dans cette version, allume une boule supplémentaire. Reaching the Sun attribue également une spéciale, allumant une autre boule supplémentaire.

Une grille 5x5 est placée devant la visière de Pin Bot, et deux rangées de cibles situées en haut et sur les côtés de la grille permettent au joueur d’éclairer la grille une ou deux unités à la fois. Une fois que la grille est complètement allumée, la visière s'ouvre, permettant au joueur de verrouiller le ballon. Verrouiller une seconde balle dans la visière lance un mode multibille à deux balles, durant lequel les scores sont doublés. Le joueur peut ensuite verrouiller à nouveau l'une des balles et tirer l'autre sur la rampe solaire, en collectant un score supplémentaire.

en  attribuer avec succès un bonus solaire en mode multibille entraîne le changement du terrain de jeu, ce qui se traduit par six «niveaux» de terrain différents. La forme du terrain de jeu et l'emplacement de toutes les cibles restent les mêmes tout au long du jeu, mais la palette de couleurs du terrain de jeu change et différents ennemis apparaissent après le niveau 1. Le niveau 2 introduit un blob qui avance à travers les planètes, puis assis au-dessus de la lampe solaire tente de sucer, de manger la balle et de cracher. Au niveau 3, un avion survole le terrain de jeu. Il tient parfois un missile qui tombe lorsque son avion est détruit ou disparaît de lui-même. Le missile tombe en direction d'une des nageoires, endommageant ou détruisant la nageoire s'il est autorisé à l'atteindre. Le niveau 4 comporte le même plan, mais l'avion peut maintenant attraper le ballon et l'emporter. Les niveaux 5 et 6 introduisent tous deux un serpent qui apparaît dans les couloirs et tentent de saisir le ballon et de le tirer dans le couloir. Dans tous les cas où la balle est "capturée" par un ennemi, celui-ci peut être vaincu en "secouant" la machine à plusieurs reprises.

En plus de changer le terrain de jeu, certains bonus et améliorations de niveau amènent également le ballon à passer d’une sphère à une cale triangulaire, puis finalement à un cube. Chaque nouvelle forme de balle est plus rapide et plus difficile à contrôler que la précédente, mais se comporte sinon de la même manière que la balle d'origine (la simulation physique n'est pas modifiée).

La conversion NES de Pin Bot reproduit la conception et les illustrations du champ de jeu et de l’arrière-plan de la machine à flipper, ainsi que sa musique et de nombreux effets sonores. De plus, le jeu joue le discours de synthèse de Pin Bot, bien que le jeu soit interrompu pendant la lecture de ses phrases. La parole, la musique et les effets sonores peuvent être activés / désactivés via un menu de pause, accessible via le second contrôleur. (Le premier contrôleur ne peut pas mettre le jeu en pause car les boutons Démarrer et Sélectionner permettent de "décaler" la machine.)